Это происходит по 2 причинам.
1) Данные для отчёта «Контекстная реклама» мы получаем через парсинг поисковой выдачи, а для отчёта «Объявления в Яндекс.Директ» с помощью парсинга в инструменте «Прогноз бюджета» в Яндекс.Директе.
Другими словами, объявления из отчёта «Контекстная реклама» показывались в результатах поиска, а в отчёте «Объявления в Яндекс.Директ» содержатся объявления, которые настроены у рекламодателей в рекламной системе.
2) Разное время сбора данных. Например, данные для отчёта «Контекстная реклама» могли быть собраны вчера, а для отчёта «Объявления в Яндекс.Директ» сегодня.